Uchuu Senkan Yamato 2199

Pada tahun 2199, Bumi telah menjadi lahan radioaktif yang hancur akibat serangan terus-menerus dari alien Gamilus, sehingga memaksa manusia untuk tinggal di bawah tanah. Sebuah pesan harapan datang dari alien Iscandar yang memberikan rancangan kapal luar angkasa yang sangat kuat untuk mengambil alat pembersih planet. Dengan armadanya yang sangat melemah akibat serangan Gamilus, United Nations Cosmo Navy membangkitkan kembali kapal perang Yamato lama, mengintegrasikan teknologi alien untuk merekonstruksinya menjadi kapal yang menjadi pusat cerita.