Ep. 1: Shirou riflette sul suo passato mentre Archer cambia lato per aiutare Caster e Medea.

Shirou ricorda gli ideali di Kiritsugu e l'incendio di Fuyuki City dieci anni fa. Alla chiesa, Caster tortura Saber, che rivela che i suoi attacchi erano volontari e che intende usare la chiesa come recipiente per il Santo Graal. Kuzuki viene a conoscenza di tutto. Rin e Archer arrivano alla chiesa, trovando macchie di sangue. Si scontrano con Caster e Kuzuki, ma Archer li difende, citando la defezione di Saber. Archer giura fedeltà a Caster, rivelando che lei è Medea, e le permette di trafiggerlo con Rule Breaker, prendendo i Sigilli di Comando di Rin. Kuzuki attacca Rin, ma Shirou la salva. Caster evoca dei Golem, ma Archer la ferma, chiedendo il rilascio di Shirou e Rin. Sulla via di casa, Rin ammette che Archer si è unito a Caster perché le sue strategie erano difettose. Shirou la consola, restituendole un gioiello e confessando i suoi sentimenti. Rin gli è grata per averle salvato la vita.

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