Ep. 9: Shirou e Emiya si scontrano mentre Gilgamesh rivela la corruzione del Graal e corrompe Shinji.

Shirou e Emiya continuano la loro battaglia, con Emiya che rimprovera Shirou per aver continuato a perseguire il suo ideale e dichiara che eliminerà ogni traccia della sua esistenza. Tuttavia, mentre la battaglia prosegue, Emiya inizia a rendersi conto che Shirou, essendo se stesso, non si arrenderà mai e che è inutile sconfiggerlo in quel momento. Infine, mentre spiega la bellezza che ha visto nel suo ideale, lo spirito di Shirō inizia a sopraffare Unlimited Blade Works e si lancia contro Emiya. Emiya cerca di reagire, ma viene distratto da un flashback degli ultimi momenti di Kiritsugu e viene ferito da Shirō, proprio mentre arriva Rin. Con questo, Emiya ammette la sconfitta e permette a Shirou, Rin e Saber di fuggire, prima di essere trafitto da tre spade sparate dal Noble Phantasm di Gilgamesh. Dichiarando il suo odio per i falsi, Gilgamesh spara altre spade contro Shirō ed Emiya, ma Emiya spinge Shirou fuori dalla traiettoria e muore dopo aver subito il pieno impatto dell'attacco. Saber, esprimendo una familiarità con Gilgamesh, chiede di sapere perché sia lì, ed egli spiega che dopo la fine della Quarta Guerra del Sacro Graal, in cui era un Servant di classe Archer, si è bagnato nel Sacro Graal durante la sua distruzione per mano di Saber, anch'essa un Servant in quella guerra, e ha assunto una forma fisica. Poi spiega la natura del Graal, scoraggiando Saber con la rivelazione che i Servant stessi formano i contenuti del Graal poiché le loro essenze collettive vengono assorbite per alimentarlo, il che significa che i Servant stessi non hanno mai avuto alcuna possibilità di usarlo per realizzare i rispettivi desideri, poiché solo un Master, un mago, può fare uso del Graal. Gilgamesh rivela poi che il Sacro Graal è in realtà corrotto e lo era anche nella Quarta Guerra, ed è un contenitore per migliaia di maledizioni malvagie, annunciando la sua intenzione di usarlo come arma per eradicare la razza umana, disgustato dallo stile di vita degli esseri umani moderni e sperando di governare su eventuali sopravvissuti. Poi lascia la trio nella villa mentre questa brucia a causa dell'incendio iniziato da Lancer in precedenza, e successivamente trova Shinji nella foresta, imparando da lui la morte di Kirei e il motivo della fuga di Rin. Quando Shinji chiede di trovare un vaso per il Sacro Graal, Gilgamesh impianta il cuore di Illyasviel in lui, considerandolo un vaso abbastanza degno, e lo lascia mentre inizia a mutare in una forma massiccia e informe di carne.

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