Ep. 129: Ai Haibara si iscrive alla classe e la Lega dei Giovani Investigatori indaga su un rapimento e un omicidio.

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Ai Haibara si trasferisce nella classe di Conan. La Lega dei Giovani Investigatori indaga sulla scomparsa di Toshiya, scoprendo che suo fratello è stato rapito per produrre banconote contraffatte da ¥1000. Salvano il fratello e smascherano la rete criminale. Ai confessa di essere fuggita dall'Organizzazione Nera grazie all'APTX 4869 e di aver inviato accidentalmente dati compromettenti su un floppy disk al professore della sorella, Masami Hirota. Quando Agasa li porta a recuperare il disco, trovano Hirota ucciso. Conan deduce che lo studente Akira Shirokura ha ucciso Hirota e ha usato una cassetta del segreteria telefonica per bloccare la porta, lasciando impronte digitali come prova. Devastata, Ai chiede perché Conan non abbia potuto salvare sua sorella, Akemi. In seguito, un virus cancella i dati sul disco.