PROJECT A-KO 2: Daitokuji Zaibatsu no Inbou

3週間前、艦長ナポリポリータが指揮する船が重力子都市（グラビトンシティ）の上に停まってしまった出来事の後、A子と仲間たちは夏休みを過ごすことにしました。A子はダイエット方法を考える一方、B子は赤髪のライバルを打ちのけることとC子を惹きつける方法を考えています。ナポリポリータとスパイ・Dは故郷の惑星に戻る手段を探しながら郷愁に苦しみます。一方、B子の父親で大徳寺ファイナンシャルグループの会長である光大徳寺（ヒカリ・ダイトクウジ）は、地元の軍隊に新型のメカを装備させ、その船を攻撃し、その先進的な技術を獲得しようとしています。