Yamato Takeru

25世紀、300人の乗員を乗せた宇宙船が地球を出発し、太陽系で新たな住処を探す旅に出るが、事故に巻き込まれてブラックホールに吸い込まれ、別の宇宙へと飛ばされてしまう。彼らが着陸したのは、オナム・システムに残された唯一の惑星・イスマである。かつてオナム・システムには8つの惑星が存在していたが、邪悪な神・ツクヨミは、モンスター・ヤマタノオロチの一部を封印した石を盗み、スカイ・ウォリアーたちを使って7つの惑星を破壊してしまった。最後の8番目の石はイスマの奥深くに埋まっている。ツクヨミはその石を回収し、ヤマタノオロチを復活させて宇宙を支配しようとしている。地球出身の13歳の少年・タケルは、スカイ・ウォリアーのスサノオを発見し、長い眠りから目覚めさせることになる。スサノオは今、タケルとイスマをツクヨミとその軍勢から守るために戦っている。