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汚染が原因で変異した異常な生物が広がる未来世界において、人類は移動可能な都市「レジオス」に住んでいます。その一つであるズェルニは、構造自体が学校となっている都市です。新入生のレイフォン・アルゼイフは、この学校に入学し、17期武芸研究科に配属されます。3年生のニーナ・アントルクの指導のもと、さまざまなミッションに参加していきます。