Danshi Koukousei no Hallelujah!

15歳の男子中学生、山田真里は、誤解によって女子校に編入させられてしまう。彼はこの状況に置かれた生徒たちの中の一人であり、剣道を好むユキや、男性を避けるサクラもまた、女子として登校している男子である。校長は「男女共学の名の下で女子を弄ぶような真似をしてはいけない」と謎めいた発言をし、その意味は曖昧なままとなる。また、サクラが本当に男子であるかについても疑問が呈され始めている。