Gunslinger Stratos: Gigantomakhia

2115年、かつての日本は並行する二つの世界に分かれている。一方は無法な自由の領域であるフロンティアS、もう一方は厳しく管理・監視された17番目の東亜帝国都市管理区である。この二つの世界が徐々に融合し始めると、両政府は大規模な作戦「ストラトス」を開始する。フロンティアSと17番目の東亜帝国都市管理区のそれぞれから選ばれたガンスリンガー、傭兵らが2015年にタイムスリップし、相手の世界のメンバーを排除するという使命を帯びる。目的は一つの世界だけを残し、もう一つの世界を存在から抹消することである。