JD to Professor no Tasogare Senki

東谷時也（トキヤ・ハノ）は、ある事件の後、日本を離れ、軍隊に機械工として入隊する。彼は広大な砂漠の戦場に配属され、生きた武器と呼ばれる女性兵士JDとともに働くことになる。互いに信頼を築いた二人だったが、ハノが紛争に関与したことで、彼が隠し続けてきた秘密が次第に明らかになっていく。