Machine-Doll wa Kizutsukanai

20世紀初頭、科学技術の進歩により、魔法と技術を融合させた「マキノト」が生まれた。このマキノトによって、物に生命と個性が宿るようになった。当初は軍事用の道具として開発されたが、今や広く社会に普及している。王立アカデミーに通う学生の赤羽雷人は、最優等生になることを目指している。彼の隣には、武器として行動を共にするヤヤがいる。戦闘では抜群の実力と強い意志を示す一方、学業面では成績が常に下位にとどまり、厳しい競争を乗り越えて最優等生になるための道のりは険しい。