Mahou Shoujo no Majo Saiban

高校の初日となるはずだったその日、Ema は気づくと、はるか沖合の離島にある監獄の暗い独房で目を覚まします。一羽のフクロウが彼女の境遇を説明します。彼女は魔女である可能性があり、世界にとって危険な存在として印をつけられ、残りの一生をそこで投獄されて過ごすことになるのだ、と。彼女が状況に慣れ、ともに告発された他の少女たちと知り合っていくなか、フクロウは囚人たちを集め、ぞっとするような宣告をします。魔女裁判が開かれるというのです。十三人は一人ずつ、自分たちのなかから魔女を選び出し、次に処刑される者へ投票しなければならず、こうして残酷なゲームが始まります。