Manatsu no Grey Goo

3人の高校生——剣道部のメンバーであるマナツ、昆虫の動画を配信するツムギ、オカルトに興味を持つアヤノ——が試験に不合格し、夏期補習を受けることになる。補習の初日、軍用ヘリコプターが学校に着陸し、兵士たちが先生に町がナノマシンの脅威によりロックダウンされていることを知らせる。3人は教室から、先生が突然アリの群れに襲われて飲み込まれる様子を目撃してしまう。