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冷凍睡眠中に敵である「未知」の侵攻によって眠らされた子どもたちは、数十年後、目覚めたところを発見する。その子どもたちは超常的な力を持っていた。人類は今もこの謎の存在と戦いを続けている。東京湾に現れたゲートを通じて「未知」が東京、神奈川、千葉へと侵入するのを防ぐため、目覚めた子どもたちは戦闘に参加する。