Uesugi-kun wa Onnanoko wo Yametai

上杉恵介は、背が低くてかわいらしい学生で、身長が高く頭のいい親友にいつもかき消されているような気分だった。ある日、クラスメートが彼が女の子だったらかわいらしいだろうと冗談半分に言い出したのをきっかけに、自分を恋愛対象として見てくれていないのではないかと不安になり、落ち込んで近くの神社に参拝して願い事をした。その願いは思いがけない形で叶えられ、彼は女の子に変身してしまった。こうして女の子としての生活を始めた上杉は、新たなアイデンティティがもたらす予期せぬ複雑さ、特に人間関係への影響に苦しみながら、日々を生きていかなければならない。