Ao no 6-gou

과학자인 조른다이크는 인간을 파괴하려는 바다에 서식하는 새로운 종의 생물을 개발했다. 그는 인간이 지구를 지배하는 상황을 종식시키려는 목적을 가지고 있다. 인간의 지배를 제거하기 위해 조른다이크의 계획과 그가 만든 생물들을 저지하기 위해 '블루 서브마린 6호'와 블루 함대에 속한 다른 함선들이 임무를 수행한다.