Pocket Monsters: Mewtwo no Gyakushuu

과학자 그룹은 메우의 DNA를 이용해 강력한 포켓몬인 메이즈투를 창조한다. 배신감을 느낀 메이즈투는 심령 능력을 사용해 자신의 창조자들을 공격하고 살해한다. 이 프로젝트를 자금 지원했던 가오니시는 메이즈투의 능력을 통제하도록 도와주지만, 포켓몬은 다시 조종당하고 있다는 것을 깨닫는다. 독립과 복수를 원하는 메이즈투는 치명적인 폭풍을 일으켜 지구를 파괴하려는 계획을 세운다. 애шу 케추움과 다른 트레이너들은 메이즈투와 싸우기 위해 초대되지만, 그들의 포켓몬을 복제하기 위한 수단으로 이용되고 있다는 사실을 알게 된다. 애슈는 메이즈투의 계획이 성공하기 전에 이를 저지하려 한다.