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학교 총무부서로 일하는 네크자키 렌은 자신이 좋아하는 야마다 미코토와 방과 후에 시간을 보내기 위해 학교 내 사용되지 않는 신사를 이용해 미코 클럽을 창설한다. 하지만 이 상황은 오래가지 못했고, 다른 학생들이 그 장소를 알아차리게 되면서 문제는 생기게 된다. 학교의 동아리실이 이미 가득 찬 상황에서 이 학생들은 자신들의 동아리 공간으로 신사를 사용하기로 결정한다. 렌은 이제 자신이 차지했던 공간을 되찾는 방법을 찾아야 한다. 이야기는 이 외에도 세 개의 추가 챕터를 포함하고 있다.