Boku ga CD ni Natta Wake

소년이 어떻게 된 일인지 기억도 없이 CD 디스크 형태로 깨어난다. 그는 자신의 새로운 형태로 인한 결과를 겪으며 정체를 밝혀내려 노력한다. 이후 그는 자신이 닌자로 변했다는 사실을 알게 되면서 상황이 더 복잡해진다. 나중에 그는 지옥에 빠지게 되고, 거기서 자신의 변신과 관련된 일곱 가지 수수께끼를 배우게 된다. 그가 이 수수께끼를 하나씩 밝혀가며 자신이 변한 이유와 다시 정상으로 돌아가는 방법을 점차 이해하게 된다. 이야기는 이처럼 이례적인 상황 속에서의 그의 여정과 점차 성장해 나가는 모습을 그린다.