Fate/Prototype: Sougin no Fragments

아야카 사죠는 아버지와 언니 마나카와 함께 아침을 먹으며 평범한 아침을 보내고 있을 때, 도쿄에서는 치열한 전투가 벌어지고 있다. 이 전투는 세 명의 마술사와 그들이 소환한 서번트가 참가하는 '성배 전쟁'으로, 모든 참가자는 강력한 성배를 차지해 어떤 소원이라도 이루어질 수 있는 이 아티팩트를 얻기 위해 치명적인 경쟁을 벌인다. 참가자들이 전투를 벌이며 점차 성배의 숨겨진 비밀이 드러나기 시작한다. 갈수록 격화되는 전투는 동맹 관계를 끊임없이 변화시키며, 전쟁의 진정한 권한을 누가 가진 것인지를 재정의해 나가게 된다.