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칸ено네 아카데미는 산과 언덕으로 둘러싸인 외진 지역에 위치한 남자만 다니는 고등학교이다. 유스케 타카사키는 평범한 2학년생으로, 학교에서 공평한 일상 속에서 생활하고 있다. 그러던 어느 날, 학교에서 공교육 확대 계획을 발표하면서 여학생들이 여름 학기에 입학하기 시작한다.