LIAR GAME roots of A #2

신이치 아키야마는 유키야 오카베 교수의 영향을 받아 인간의 정신을 탐구하기 위해 학업을 계속할 계획을 세운다. 교수와의 개인 면담 도중, 다른 학과의 미츠마사 이와시타가 오카베 교수를 만나 긴급한 문제를 논의하려고 방을 빌려간다. 아키야마는 면담을 조기에 종료하지만 그들의 대화를 듣게 되고, 과학 특목고 입학 시험 문제가 유출되었다는 사실과 함께 그의 친구 쿄이치 아라타니가 관련 의심을 받고 있다는 것을 알게 된다. 고등학교 시절부터 아라타니를 알고 있던 아키야마는 그의 무죄를 의심한다. 오카베 교수의 도움을 받아 아키야마는 복잡한 사건을 수사하며 진실을 밝혀내려 한다.