Motto! Kage kara Mamoru!

마모루 케이게모리는 외모, 학업, 운동 모두에서 특출난 점이 없는 평범한 고등학생이다. 비밀리에는 이웃인 쿄나 코니야쿠를 보호하는 능력 있는 닌자다. 두 사람이 모두 마지막 학년에 진입한 시점에서, 마모루의 보호 대상인 유나를 자신이 대신 보호하겠다며 도전해오는 여학생 마리모가 학교에 전학해온다. 마리모는 자신이 마모루의 여동생이라고 주장하며 등장한다. 이로 인해 그들의 일상은 깨어지고, 닌자를 소재로 한 로맨틱 코미디 시리즈의 새로운 이야기가 시작된다.