Nazo no Kanojo X

아키라 츠바키의 반에 새로운 학생 미코토 우라베가 전학해온다. 어느 날, 방과 후 아키라는 미코토가 책상 위에서 자고 있는 것을 발견하고 깨워주는데, 그녀는 침을 흘린 상태였다. 아키라는 충동적으로 그 침을 만지고 맛보았고, 이로 인해 이상한 일이 벌어지게 된다. 이 특이한 상황을 통해 서로를 알아가면서 점점 깊어지는 두 사람의 관계가 그려진다. 아키라는 미코토가 관계의 속도를 조절하면서 그녀를 이해하고 존중하게 되는데, 시리즈는 원소 챕터와 여덟 개의 추가 챕터로 구성되어 있다.