Secret Agent Holmes

니시카기 겐이치, 마코, 아카시 키타하라 코고로는 평범한 학생처럼 보이지만 실제로는 도쿄의 은밀한 경찰 부대에 속해 있으며 복잡한 사건을 해결하는 임무를 맡고 있다. 홈즈, 마플, 코고로로 불리는 이들은 일반 경찰이 진전을 이루지 못할 때마다 불려들어 사건을 해결한다. 홈즈, 마플, 코고로를 지원하는 하라다 총감은 지능이 특별히 뛰어난 편은 아니지만 좋은 의도로 종종 그들을 어려운 상황에서 도와준다. 이들은 절도, 살인, 납치 등 다양한 범죄를 해결하며 범죄자들을 속여 정의를 실현한다. 그러나 이들을 겨냥해 그들의 지능을 악용하려는 범죄 조직 '다크'가 등장했고, 홈즈, 마플, 코고로가 이 위험한 조직을 막아내고 앞서 나갈 수 있을지가 남은 의문이다.