Tokoshie x Bullet: Kaijuu Gakuen

10년 전, 테러 조직인 토키시에 의해 운용된 대규모 생물학적 무기가 인류를 초토화한 후, 츠키미는 고등학교에서 고독한 삶을 살고 있다. 어느 날, 정신이 없어 보이는 신입생이 츠키미를 무작위로 "파트너"로 지정하면서, 츠키미의 일상은 갑자기 달라진다. 예전에는 별다른 일 없이 지나가던 학교 생활이, 이제는 인류 전체에 영향을 미치는 상황으로 변하고 만다.