Imasugu Onii-chan ni Imouto da tte Iitai!

Rikuto agora tem um irmão mais novo, Ayumu, após o rematrimônio de seu pai. Sem saber, Ayumu é na verdade uma menina que foi ordenada pela mãe a se passar por menino. Rikuto vai se encantando cada vez mais com seu irmão mais novo e carismático, enquanto Ayumu luta para manter seu segredo. Com a chegada da primavera, ambos entram na Asaoka Academy, uma escola particular onde Ayumu finalmente pode se apresentar como menina. Rikuto faz amizade com vários colegas de classe, todos enfrentando questões pessoais sobre sua identidade. Sua amiga da infância, Matsuri, se afastou de sua feminilidade, Mao, apesar de ser menina, costuma se vestir como menino, e a tímida representante de classe, Kimika, deseja mudar quem ela é. Com o apoio de Ayumu, Rikuto busca ajudá-los a redescobrir o que sentem que falta.