ตอนที่ 49: FreezeMan ติดตาม Bass ในขณะที่ HeatMan ตามแก้แค้น เผยที่มาของ Grave และบทบาทผู้นำของ Wily
ออกอากาศเมื่อ 10 กุมภาพันธ์ 2546

49
FreezeMan is sent to capture Bass, but HeatMan intervenes to get revenge for the deletion of his former being. Bass instead captures MegaMan and begins reading his memories to learn the truth about his existence; he and the Grave VirusBeast were created from PharaohMan's left-over data. Meanwhile, Protoman has a run-in with the Virus Beast. He ends up getting deleted in an attempt to save a young toddler navi. Also, the true leader of Grave is revealed to be Mr. Wily himself. (Source: Wikipedia)
จำนวนตอน
- ตอนที่ 45 · ผู้บัญชาการบีฟติดอยู่บนดวงจันทร์ ขณะที่เน็ตนาวิของแลนต่อสู้กับแพลเน็ตแมนเพื่อช่วยเขา
- ตอนที่ 46 · ทีม WWW กำลังตามหา Battle Chip ที่หายากซึ่ง Mr. Wily ทิ้งไว้บนเกาะที่ปกคลุมด้วยน้ำแข็ง
- ตอนที่ 47 · การแข่งขันรถแข่ง NetMobile Grand Prix!
- ตอนที่ 48 · Grave ปลดปล่อย VirusBeast ขนาดใหญ่ที่กลืนกินอินเทอร์เน็ตใน NetCity
- ตอนที่ 49 · FreezeMan ติดตาม Bass ในขณะที่ HeatMan ตามแก้แค้น เผยที่มาของ Grave และบทบาทผู้นำของ Wily
- ตอนที่ 50 · เบสเผชิญหน้ากับไวรัสกริฟเวสต์บีสต์ ขณะที่เมก้าแมนต้องรับมือกับบั๊กของระบบ
- ตอนที่ 51 · ElecMan ช่วยต่อสู้กับ MagnetMan ขณะที่ MegaMan ดูดซับ VirusBeast และอินเทอร์เน็ต ก่อนที่ Lan จะฟื้นฟูความปกติ
- ตอนที่ 52 · เปิดโปงความลับที่อยู่อาศัยของอayanokouji
- ตอนที่ 53 · Hearts NetBattle: Lan เข้ามาแทน Maysa เพื่อต่อสู้กับ Commander Beef