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Isana Yashiro führt ein ruhiges Leben in Shizume City, einer technisch hochentwickelten Großstadt, und besucht die Ashinaka High School, die sich auf einer Insel befindet. Er ist im Allgemeinen freundlich und kommt gut mit anderen klar, obwohl er gelegentlich sein an der Schule ausgestattetes PDA verliert. Nach dem Mord an Tatara Totsuka, einer prominenten Persönlichkeit innerhalb der Organisation HOMRA, gerät Yashiro ins Visier der Verdächtigten. Der Täter wird als jemand beschrieben, der ihm äußerlich stark ähnelt, wodurch die HOMRA Red Clansmen Yashiro verdächtigen und ihm nachstellen, da sie glauben, er sei für den Tod verantwortlich.