Ep. 1: Ayato y Reika viajan al Santuario de Xephon bajo la Bahía de Tokio tras un accidente de tren.

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Ayato Kamina, Hiroko Asahina y Mamoru Torigai viajan en tren para un examen de química mientras son seguidos por una mujer misteriosa. Un terremoto provoca el accidente del tren, hiriendo a Hiroko y Mamoru. Ayato busca ayuda pero descubre que Tokio está siendo atacada por aeronaves futuristas. Se despliega un Dolem gigante llamado Allegretto para defender la capital. Entre los escombros, Ayato conoce a Reika Mishima, cuya apariencia le evoca nostalgia. Agentes federales intentan arrestar a Ayato en el metro, pero la mujer misteriosa lo rescata. Ayato rechaza su oferta y sube a un tren con Reika para llegar a la estación especial conocida como "El Santuario de Xephon" bajo la Bahía de Tokio. Dentro, encuentran un área de color azul cielo con un huevo gigante en el agua. Los Dolem cantan arriba, afectando a Ayato, pero Reika contrarresta con su propia canción. El huevo se agrieta, revelando alas en su interior.