Ep. 20: Ayato regresa a TERRA bajo Isshiki mientras Mamoru se reúne con Ayato y Megumi tras escapar de Tokio.

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Ayato se reincorpora a TERRA bajo el mando de Isshiki, mientras que Makoto reemplaza a Kunugi y trae a Reika como nuevo personal. Mamoru escapa de Tokio y encuentra a Ayato y Megumi. Aparece un nuevo Dolem llamado Obbligato cerca de la base, lo que provoca que el Escuadrón Alpha ataque. Obbligato está vinculado a Mamoru, aunque Ayato sigue sin saberlo. Durante la batalla, Donny Wong es asesinado. El RahXephon arranca el brazo de Obbligato, lo que lleva a Jean-Patrick Shapplin y Cathy McMahon a lamentar la muerte de Donny. La repentina aparición de Mishima aumenta la tensión. El episodio destaca los cambios de liderazgo dentro de TERRA y los vínculos personales entre los pilotos y el misterioso Dolem. El regreso de Ayato marca un desarrollo significativo en el conflicto en curso, mientras que la pérdida de Donny Wong subraya los peligros que enfrenta el escuadrón.