Ep. 20: Ayato torna a TERRA sotto Isshiki mentre Mamoru si riunisce ad Ayato e Megumi dopo la fuga da Tokyo.
Ayato si ricongiunge a TERRA sotto il comando di Isshiki, mentre Makoto sostituisce Kunugi e porta Reika come nuovo membro dello staff. Mamoru fugge da Tokyo, ritrovando Ayato e Megumi. Appare un nuovo Dolem di nome Obbligato vicino alla base, spingendo la Squadra Alpha all'attacco. Obbligato è legato a Mamoru, sebbene Ayato ne sia all'oscuro. Durante la battaglia, Donny Wong viene ucciso. Il RahXephon strappa il braccio a Obbligato, portando Jean-Patrick Shapplin e Cathy McMahon a piangere la morte di Donny. L'improvvisa apparizione di Mishima aumenta la tensione. L'episodio evidenzia i cambiamenti di leadership all'interno di TERRA e i legami personali tra i piloti e il misterioso Dolem. Il ritorno di Ayato segna uno sviluppo significativo nel conflitto in corso, mentre la perdita di Donny Wong sottolinea i pericoli affrontati dalla squadra.
Episodi
- Ep. 16 · Ayato considera il ritorno a Tokyo Jupiter mentre affronta le verità nascoste sulla sua identità di Mulian.
- Ep. 17 · Elvy insegue Ayato e Quon mentre il RahXephon affronta le minacce dei Dolem a Tokyo Jupiter.
- Ep. 18 · Ayato e Hiroko fuggono da Tokyo Jupiter dopo la battaglia tra RahXephon e Dolem Falsetto
- Ep. 19 · Ayato fugge da Tokyo Jupiter mentre affronta il trauma della caccia di Vibrato e Futagami
- Ep. 20 · Ayato torna a TERRA sotto Isshiki mentre Mamoru si riunisce ad Ayato e Megumi dopo la fuga da Tokyo.
- Ep. 21 · L'acquisizione di TERRA da parte di Isshiki mette a dura prova i rapporti mentre Mamoru scopre il passato di Hiroko e i segreti di Ayato.
- Ep. 22 · Ayato e Quon affrontano Ixtli mentre Makoto viene licenziata dopo l'operazione anticipata.
- Ep. 23 · Le forze di Mulian chiedono la resa di RahXephon mentre Kunugi resta indietro per attivare il dispositivo del sistema Jupiter
- Ep. 24 · Ayato sceglie la sua strada nel mezzo della battaglia tra le forze di TERRA e Mulian