Grisaia no Meikyuu: Sanctuary Fellows

یوجی، یک سال پس از ورودش به میهاما، تصمیم می‌گیرد برای ارتقای شغلی در CIRS اقدام کند. داستان با حضور او در جلسه‌ای در دفتر مرکزی شرکت آغاز می‌شود که در آن درباره مدارک ارسالی مرتبط با تاریخچه شخصی‌اش به عنوان بخشی از ارزیابی ارتقا صحبت می‌کند. همزمان، ساچی و ماکیانا که در خوابگاه هستند، به صورت اتفاقی نسخه‌ای پاره از این مدارک را بازیابی می‌کنند و توجه سایر دختران را به خود جلب می‌نمایند. این وضعیت پیچیدگی عجیبی پیدا می‌کند، زیرا مشخص می‌شود که افراد گذشته یوجی ممکن است هنوز بر رویدادهای کنونی تأثیر بگذارند.