Grisaia no Meikyuu: Sanctuary Fellows

유우지가 미하마에 입사한 지 1년이 지나, 그는 CIRS 내에서 승진을 모색하기로 한다. 이야기는 그가 본사에서 열린 회의에 참석해 승진 평가의 일환으로 제출한 개인적 배경 관련 문서를 논의하는 장면에서 시작된다. 동시에, 사치와 마키나는 기숙사에서 이 문서의 찢어진 초안을 우연히 발견하게 되고, 다른 여학생들의 관심을 끌게 된다. 상황은 유우지의 과거에 있는 인물들이 여전히 현재의 일들을 영향을 미치고 있다는 사실이 드러나면서 이질적인 전개를 보이게 된다.