एपि. 2: Yuji को Second Earth तक पहुँचना है, जबकि Blue का आक्रमण मानवता के अस्तित्व के लिए खतरा बन गया है

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Yuji को Blue के बारे में उसकी भयानक सच्चाई का पता चलता है, जिसके ग्रह आक्रमण के कारण मानवता को अंतरिक्ष में पलायन करना पड़ा है। Marlene और Sleeper Recovery Team को Yuji को सुरक्षित रूप से Second Earth अंतरिक्ष स्टेशन ले जाने के लिए विशेष आदेश प्राप्त होते हैं। हालांकि, उनके आस-पास Blue की निरंतर उपस्थिति महत्वपूर्ण बाधाएं खड़ी करती है। परिणामस्वरूप, मिशन को अप्रत्याशित कठिनाइयों का सामना करना पड़ता है, और इन छिपे हुए खतरों के कारण समूह की प्रगति बार-बार बाधित होती है। वे अपने आसपास के खतरों से निपटते हुए यात्रा को और अधिक खतरनाक बनाते हैं, जिससे सुरक्षित पहुंच के लिए अपने मूल योजनाओं का पालन करना कठिन हो जाता है।