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भविष्य के जापान में, "Eternity" नामक युद्ध के अंत के पाँच सौ साल बाद, जब यह युद्ध एक चमत्कार के कारण समाप्त हुआ था, समाज व्यापक ईसाई धर्म और Vatican के प्रभाव से आकार लेता है। लोग या तो "गहरे से गहरे भक्त" होते हैं या "उतने भक्त नहीं"। Ogito, जो ईश्वरहीन होने और निषिद्ध पुस्तकों को पढ़ने के लिए जाना जाता है, "miracle inspections" विभाग के भीतर "department of saints" में एक इंटरन के रूप में नियुक्त किया जाता है। अपनी नियुक्ति शुरू करने के कुछ समय बाद, उसे एक निरीक्षण पर भेजा जाता है, जहाँ उसकी तीन-व्यक्ति वाली टीम के नेता पादरी की मृत्यु हो जाती है, जिससे वह Izumi के साथ रह जाता है, एक ऐसा व्यक्ति जिसने अपने जीवन को ईश्वर को अर्पित कर दिया है, जिसके कारण उसका हृदय एक पुतली के भीतर निवास करता है।