Hikari to Mizu no Daphne

Di masa depan di mana sebagian besar bumi tenggelam akibat pemanasan global, seorang anak yatim berusia 15 tahun bernama Maia Mizuki, yang baru saja lulus dari sekolah menengah pertama, mengajukan diri ke Ocean Agency, organisasi paramiliter di bawah pemerintah dunia yang prestisius. Hanya siswa terbaik dalam kecerdasan dan kebugaran fisik yang diterima. Maia, tokoh utama dalam cerita ini, diharapkan menjadi salah satunya, tetapi ia justru gagal dalam ujian masuknya. Tidak lama setelahnya, Maia dikeluarkan dari tempat tinggalnya, dirampok, diculik, dan ditembak. Ia diselamatkan oleh dua wanita, Rena dan Shizuka, yang bekerja untuk kelompok lepas bernama Nereids. Karena tidak memiliki pilihan lain, Maia bergabung dengan mereka dan menerima berbagai tugas, mulai dari menangkap buronan hingga mencari hewan peliharaan yang hilang. Nantinya, Gloria dan Yu juga bergabung dengan tim. Subplot yang melibatkan "Daphne" muncul di tengah cerita dan menjadi penting bagi Maia. Judul "Brilliant Blue" mencerminkan dunia yang didominasi air, terdiri dari lautan, pulau-pulau terpencar, dan kota-kota apung.