Ep. 31: Awak Archangel berduka atas Kira dan Tolle sementara Cagalli menghadapi Athrun
Tayang pada 10 Mei 2003
Awak Archangel berduka atas kematian Kira dan Tolle yang dianggap telah meninggal. Cagalli mencari Kira di antara reruntuhan namun malah menemukan Athrun dan menegurnya karena telah membunuh Kira. Kira terbangun dan mendapati dirinya dalam perawatan Lacus.
Episode
- Ep. 27 · Erica Simmons menganalisis log pertempuran Kira dan mengusulkan teori faktor SEED sambil meminta sistem operasi baru untuk Orb
- Ep. 28 · Kira bertemu orang tua di Orb, menyelesaikan OS Astrays, dan bertemu Athrun.
- Ep. 29 · Archangel meninggalkan Orb menuju Alaska sementara Tim Zala terlibat pertempuran
- Ep. 30 · Tim Zala menyerang saat Dearka menyerah dan Tolle tewas, memicu duel fatal antara Kira dan Athrun.
- Ep. 31 · Awak Archangel berduka atas Kira dan Tolle sementara Cagalli menghadapi Athrun
- Ep. 32 · Miriallia menyerang Dearka di Archangel sebelum menyelamatkannya dari tembakan Flay
- Ep. 33 · Awak Archangel menghadapi interogasi mengenai pelarian dari Heliopolis dan penyerahan Strike kepada Kira Yamato.
- Ep. 34 · Flay, Mu, dan Natarle menghadapi pemindahan sementara Lacus menitipkan Freedom kepada Kira
- Ep. 35 · ZAFT dan Earth Alliance bertabrakan dalam Operasi Spitbreak saat Kira tiba untuk menyelamatkan Archangel dari kehancuran.