Ep. 12: Kotomi si riunisce a Rie, si unisce agli amici in città e affronta una misteriosa scomparsa legata al suo passato.

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Kotomi restituisce un violino a Rie Nishina, stringendo amicizia con lei e riprendendo l'assiduità scolastica. Incoraggiata da Kyou, si unisce a Ryou, Nagisa e Tomoya per una gita in città dove appare Fuko, ma viene dimenticata. Il giorno dopo, Nagisa crede erroneamente che Ryou sia rimasto coinvolto in un incidente d'autobus, ma il gruppo non trova nessuno ferito. Al contrario, Kotomi subisce un crollo emotivo e sviene. Lascia la scuola anticipatamente e, quando Tomoya, Nagisa e le gemelle Fujibayashi visitano la sua casa, non c'è risposta. Tomoya torna indietro e incontra un uomo strano, un conoscente dei genitori di Kotomi. Entra in casa e scopre Kotomi in una stanza piena di ritagli di giornale sulla morte dei suoi genitori. Questa scena risveglia in Tomoya il ricordo di aver incontrato Kotomi quando era bambino.