Ep. 1: Shido incontra uno Spirito durante un terremoto spaziale mentre cerca Kotori.

Trent'anni fa, un terremoto spaziale devastò il centro dell'Eurasia. Al presente, la svampita Kotori Itsuka e suo fratello Shido vivono in Giappone. Per la cerimonia di apertura, Kotori e Shido si promettono di incontrarsi in un diner più tardi quel giorno. Quando la scuola termina per Shido, un'allarme di terremoto spaziale suona in tutta la città invitando i cittadini a entrare immediatamente nelle aree di rifugio. Dopo non essere riuscito a contattare sua sorella, Shido usa il suo GPS per confermare che lei è ancora all'interno della città secondo il loro appuntamento. Lascia il rifugio per trovarla e, facendolo, si trova all'esterno quando avviene il terremoto spaziale, incontrando così il suo primo Spirito. Dopo una battaglia tra lo Spirito e l'AST, dove Shido scopre che Origami fa parte dell'AST, Shido si ritrova tra il gruppo Ratatoskr sull'aeromobile Fraxinus a imparare riguardo agli Spiriti, a sua sorella e all'organizzazione di cui lei fa parte.

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