Ep. 1: La cerimonia di laurea all'Accademia Honnouji viene interrotta da doppelgänger misteriosi e da un nemico di ritorno.

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L'Accademia Honnouji è programmata per la chiusura entro un mese dopo aver assolto il suo scopo originale, segnando la fine di un'era. I membri del consiglio studentesco si preparano per la loro imminente cerimonia di laurea, ciascuno intendendo lasciare il passato alle spalle e perseguire nuovi futuri. Satsuki Kiryuuin, tuttavia, affronta una crisi interna, lottando per trovare una direzione dopo aver ottenuto la sua vittoria tanto desiderata. Proprio prima che debba rivolgersi al corpo studentesco, l'evento viene interrotto da entità strane che riflettono i membri del consiglio. Ryuuko Matoi e i Quattro Eliti sono costretti a combattere di nuovo. Presto scoprono che il mandante di questo caos è un ex avversario che cerca vendetta, costringendo il gruppo a confrontarsi con questo vecchio nemico negli ultimi momenti dell'esistenza della scuola.