Ep. 3: Sayaka visita Kyousuke mentre Mami avverte Homura prima di un incontro fatale con una strega.

Sayaka visita il violinista ferito Kyousuke Kamijou, che ammirava nell'infanzia. Mami rivela di aver subito un incidente stradale e di non aver avuto tempo di considerare il proprio desiderio, citando precedenti per desideri fatti per conto altrui. Quella notte, Homura avverte Mami contro il trasformare Madoka in una ragazza magica. Il giorno seguente, Madoka e Sayaka scoprono un Grief Seed attivo. Sayaka e Kyubey entrano nel portale mentre Madoka trova Mami. Homura tenta di avvertire Mami, ma Mami la lega per impedire interferenze. Madoka esprime il desiderio di diventare una ragazza magica per aiutare gli altri, cosa che rende Mami felice nonostante la sua solitudine. Quando il Grief Seed si attiva, Mami combatte la strega, che si trasforma in un enorme bruco decapitandola e uccidendola istantaneamente. Homura sconfigge la strega e si impadronisce del Grief Seed, lasciando Madoka inorridita e Sayaka risentita.

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