Ep. 3: Ayato e Haruka fuggono da Tokyo Jupiter dopo che RahXephon distrugge Fortissimo
In onda il 4 febbraio 2002

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La fuga di Ayato è ostacolata da Fortissimo, ma il RahXephon protegge Haruka Shitou mentre Reika viene colpita da un'esplosione di energia. Il RahXephon schiaccia Fortissimo ed esce dalla barriera di Tokyo Jupiter. Ayato e Haruka si rifugiano in una barca da pesca, dove Haruka spiega che Ayato ha subito un salto temporale di dodici anni. Il giorno dopo, Ayato riceve una chiamata dalla sua vera madre tramite un telefono pubblico, che lo avverte contro l'influenza della società di Mulian. Haruka gli informa che la barriera isola la città. Successivamente, brucia la barca per segnalare il contatto con l'Organizzazione TERRA.
Episodi
- Ep. 1 · Ayato e Reika viaggiano verso il Santuario di Xephon sotto la Baia di Tokyo dopo un incidente ferroviario.
- Ep. 2 · Ayato risveglia il RahXephon con sua madre Maya Kamina al santuario.
- Ep. 3 · Ayato e Haruka fuggono da Tokyo Jupiter dopo che RahXephon distrugge Fortissimo
- Ep. 4 · Ayato è detenuto alla base dell'Organizzazione TERRA dopo essere stato trasportato da una portaerei.
- Ep. 5 · Il turbamento emotivo di Ayato pietrifica il RahXephon, portando al suo trasferimento sotto la cura del Professor Rikudo.
- Ep. 6 · Ayato combatte un Dolem sotto terra mentre Kim Hotal cerca vendetta per la morte dei suoi genitori in Australia.
- Ep. 7 · Futagami indaga sulla TERRA mentre Ayato ed Elvy combattono un Dolem fluttuante tra le nuvole.