Ep. 49: Il Dr. Regal cerca il potere della cometa mentre Dark MegaMan tenta l'autodeificazione prima della cancellazione.
In onda il 10 settembre 2005

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Tre decenni dopo che la cometa di Duo colpì la Terra, il Dr. Regal intende attraversare spazio e tempo per sfruttarne l'energia. MegaMan, ProtoMan, SearchMan e Colonel si lanciano nel tempo per fermare Dark MegaMan, inviato per assistere Regal nell'accesso alla cometa. Tuttavia, Dark MegaMan intende assorbire il potere per diventare il NetNavi definitivo. Slur rifiuta di permettere ciò e lo cancella. Prima di svanire, Dark MegaMan si autodistrugge, impedendo al Dr. Regal di avere successo. Gli eroi tornano a casa e i resti dell'essere di Dark MegaMan si ricongiungono all'anima di MegaMan, portando MegaMan a perdonarlo.
Episodi
- Ep. 45 · I membri dei CrossFusion indagano sulle rovine di Netopia legate al simbolo di Duo e alla storia aliena.
- Ep. 46 · I membri di CrossFusion si infiltrano nella torre Neo WWW per salvare Tesla mentre i loro Crest svaniscono.
- Ep. 47 · Charlie scopre Tesla che dorme nel suo appartamento mentre Dark MegaMan mira alla Cresta di Yuri.
- Ep. 48 · L'invasione degli asteroidi costringe la squadra di MegaMan a confrontarsi direttamente con Slur
- Ep. 49 · Il Dr. Regal cerca il potere della cometa mentre Dark MegaMan tenta l'autodeificazione prima della cancellazione.
- Ep. 50 · Baryl viaggia nel tempo per aiutare la squadra di Lan a combattere un'invasione di asteroidi.
- Ep. 51 · Bass torna con il potere di Nebula Grey per eliminare Slur mentre il Dr. Regal attacca la Terra.