Koukaku Kidoutai ARISE: GHOST IN THE SHELL - border:1 Ghost Pain

2027年、第四次核を使用しない戦争から1年後、ニュー・ポート・シティでは自走式地雷による爆破事件の後遺症に見舞われている。兵器取引に関わる汚職を働いていた軍事関係者が後に殺害される。公安課の阿藍明は、第501秘密部隊に所属するサイborgハッカー、草薙未来伽と出会う。無言の目で知られるバトウは、爆破事件に関与していると草薙を疑っている。一方、新浜県警の戸須は、撃ち殺しと別の殺人事件の両方を調べている。未来伽はまた、第501秘密部隊のリーダーであるクラツとその他のサイborgエージェントたちの監視下にある。