Macross Plus MOVIE EDITION

2040年、地球とゼントラエディとの大規模な戦争から30年後、エデンで「スーパーノヴァ」と名付けられた機密プロジェクトが実施され、U.N.スパシーの変形戦闘機の将来が評価されることになる。このプロジェクトでは2つのプロトタイプが競い合うことになり、それはシンセイ・インダストリーズのYF-19とジェネラル・ギャラクシーのYF-21である。グルド・ゴア・ボウマンという人物は、人間とゼントラエディのハーフであり、YF-21のパイロットを務める。一方、シンセイは、かつてグルドの友人だったイサム・ダイソンをYF-19の試験飛行パイロットとして任命する。また、エデンでコンサート初出演を控えているバーチューロイド・アイドルのシャロン・アップルも関係しており、彼女のプロデューサーであるマイ・ファン・ローンはかつてイサムとグルドの両方に近い存在だった。3人が再会したことで、過去に残された未解決の緊張が再燃する。彼らの過去、スーパーノヴァプロジェクト、そしてシャロンの関与は、予期せぬ形で交錯していくことになる。