Nabari no Ou

14歳の少年・六条みはるは、強大な禁術「神楽辺城（しんらばんしゅう）」を操る存在であり、複数の忍一族がこれを手中に収め、那巴（ナバリ）の支配を狙っている。彼は寡黙で無関心であり、ときおりいたずらっぽい一面を持つ。クラスメートの小市と、英語教師の雲縄（クモヒラ）は、ともに万天（バンテン）一族の忍で、みはるを脅かす者から守る任務を帯びている。彼らはみはるに忍の集団への参加を提案するが、みはるは当初これを断る。しかし次第に襲撃が増える中、自身の安全を確保するため、やむなくその提案を受け入れることになる。その後、彼は那巴の支配者となる可能性に少しずつ近づいていく。