第25話: 空（アクア）
2004年12月27日 放送
和月、真夜、健二、カノン、京平の連中はコアへ急行し、宗志を救出する。椿はフェストムの生死の理解を助けるため、コアへの帰還を余儀なくされる死の過程を経る。健二は攻撃を計画し、カノンは編成を確認する。宗志はジークフリート・システムを通じてイドゥンに操られ、パイロットの弱点を突いて編成を崩そうとする。四人のパイロットはイドゥンを倒すために再会する。椿は島のコアと同期する前に感情的な葛藤を抱える。赤音の助けを得て、和月は宗志を救出し、同化の重荷を負う。メイアが大気圏へ向かう中、真夜は世界的な拡散を防ぐためにそれを狙い撃つ。椿は島へと溶解していく。ファフナー・マーク・ニヒトの中でわずかに命を保つイドゥンは和月と宗志を妨害するが、光洋が二人を救う。島の近くで、宗志はほぼ同化された状態のため姿を消す。