25화: 하늘 (Azure)
2004년 12월 27일 방영
Kazuki, Maya, Kenji, Canon은 Kyouhei와 함께 Soushi를 구하기 위해 코어로 돌진한다. Tsubaki는 Festums에게 생사와 죽음을 이해하게 하기 위해 죽음의 과정을 겪으며 코어로 돌아가야 한다. Kenji는 공습을 계획하고 Canon은 편성을 확인한다. Soushi는 Siegfried System을 통해 Idun에게 조종당해 파일럿의 약점을 노려 편성을 무너뜨린다. 네 파일럿은 Idun을 물리치기 위해 재회한다. Tsubaki는 섬 코어와 동기화하기 전까지 감정적으로 고뇌한다. Akane의 도움으로 Kazuki는 Soushi를 구해 동화를 감당한다. Meir가 대기권으로 향하자 Maya가 이를 저지해 전 세계적 확산을 막는다. Tsubaki는 섬 속으로 사라진다. Fafner Mark Nicht 안에서 간신히 살아있는 Idun은 Kazuki와 Soushi를 방해하지만 Koyo가 그들을 구해낸다. 섬 근처에서 Soushi는 거의 동화된 상태 때문에 사라진다.