Yu☆Gi☆Oh!: Chou Yuugou! Toki wo Koeta Kizuna

遊星ユウジのスターデュスト・ドラゴンが、未来からのターボデュエリスト・パラドックスによって、ターボデュエル中にジャック・アトラスとクラウ・ホーガンと対戦中に奪われ、それは「Sinモンスター」として変質させられてしまう。遊星はクリムゾン・ドラゴンの力でパラドックスを追ってタイムスリップし、過去へと到達する。そこでは、まだユーベルとザ・サプレマ・キングの力を保有するジャデン・ユキと対戦するパラドックスが、さらに強大なドラゴンたちを捕らえ、ジャデンを打ち勝ってしまうが、後に遊星によって助けられる。ジャデンは、パラドックスがデュエル・モンスターズの創造者であるマキシミリアン・ペガサスを抹殺するために、時間を越えて強力なモンスターたちを盗み、腐敗させようとしていると明かす。遊星とジャデンはさらに過去へと遡り、パラドックスと対峙するため、ユギ・ムトに出会う。その頃、パラドックスはすでにユギの時代を襲撃し、ペガサスとユギの祖父を殺害し、青眼の白龍と赤眼の黒龍を盗み取っていた。物語の全貌を知ったユギは、遊星とジャデンとともに、捕らわれたモンスターたちを解放し、時間の破壊を阻止するための最終決戦となる3対1のデュエルに挑む。